Idag har Flygvapnet fem huvudsakliga enheter – tre flygflottiljer, en helikopterflottilj, samt Luftsstridsskolan.
Skaraborgs Flygflottilj, F7 har varit en av de viktigaste flygbaserna i Sverige sedan den grundades 1940. Här finns stridsflygdivisioner bestående av JAS 39 Gripen, men också transportflyg och spaningsflyg. Flottiljen har en del personal och flygplan för radar- och signalspaning stationerade i Linköping och i Bromma. Det är på F7 i Såtenäs som alla blivande Gripen-piloter utbildas, även piloter från andra länder som köpt flygplanet. Från F7 leds också all verksamhet i Försvarsmakten som har med transport- och specialflyg att göra.
Blekinge Flygflottilj, F17 har sin huvudverksamhet i Ronneby, där det finns två JAS 39 Gripen-divisioner. Flottiljen har en övningsbas utanför Värnamo, och driver Försvarsmaktens del av flygplatsen på Visby. Flygbasjägarna, Flygvapnets enda jägarförband, får sin utbildning på F17. Deras uppgift är att samla information och skydda de soldater och fordon som verkar inom stridsflygförbanden.
Norrbottens Flygflottilj, F 21 ligger i Luleå och har sidobaser i Vidsel och Jokkmokk. Här finns stridsflyg i form av JAS 39 Gripen. Flottiljens läge gör att den har ett av världens största flygövningsområden, och där övar både svenska och utländska flygförband.
Helikopterflottiljen har ingen egen bas utan fördelas på de tre flygflottiljerna. Helikopterflottiljen ingår i flygvapnet men kan också användas av armén och marinen. Helikoptrarna används ofta till räddningsuppdrag och vid krissituationer, tack vare sin förmåga att operera även i hårt väder, i mörker, samt till sjöss, till fjälls och i andra områden som är svåra att nå via marken eller med vanliga flygplan. 
Utöver den här verksamheten står Helikopterflottiljen för utbildandet av två hemvärnsbataljoner.
Luftstridsskolan har sitt säte i Uppsala, där även Upplands Flygflottilj, F16 fanns fram till nedläggningen 2003. Luftsstridsskolan består av fem delar – Flygskolan utbildar piloter på de flygplanstyper som används i flygvapnet. Stridslednings- och luftbevakningsskolan utbildar dem som från marken eller i luften ska leda stridsflygplanen under uppdrag och övervaka luftrummet. Flygbefälsskolan ger teoretiska kurser för all personal i flygtjänst. R3-skolan står för den utbildning som krävs för att kunna tjänstgöra inom flygbasräddning, flygfältsarbete och flygtrafikledning. Basbefälsskolan har bland annat hand om utbildning av chefer från plutonsnivå upp till bataljonsnivå, flygbaspecifika utbildningar, samt hundtjänst.
Utöver dessa utbildningar står Luftsstridsskolan (LSS) även för utveckling av olika slag. Den verksamheten är delvis förlagd till Linköping. Här utvecklas till exempel stridssystem för flygplan, samband, och annat som rör teknologi. JAS 39 Gripen, det stridsflygsystem som används idag, förändras och förbättras ständigt, och det är Luftstridsskolan som står för det utvecklingsarbetet. Här utförs också en del försök med materiel, det vill säga utrustning av olika slag. Luftsstridsskolan har även ansvar för förbandsutveckling. Alla utbildningsanvisningar, taktiska anvisningar och liknande tas fram här, och de stridstekniker som förbanden använder sig av utarbetas och testas av LSS.